Su actual nombre deriva del musulmán "Al-Koliah", que significa "el castillejo", pequeña fortaleza. No obstante la denominación que la villa tuvo en la antiguedad aún resulta un enigma para los filólogos más estudiosos.
En la zona de Alcolea se encuentran importantes restos arqueológicos, debido al emplazamiento en la zona de dos poblamientos romanos, Arva y Canama, dedicadas sobre todo al comercio fluvial y a la alfarería, surtiendo de ánforas de vino y aceite al tráfico entre la bética y el imperio romano. El emplazamiento de Arva se sitúa en la zona del molino de "la Peña de la Sal", y el Canama en la zona de "la Mesa", al norte del pueblo.

La reconquista se hizo en 1.247, por los ejércitos cristianos mandados por el prior de San Juan. Por ese motivo fue donada a la Orden Militar de San Juan de Jerusalén.

Al parecer esta pequeña fortaleza resultó ser un emplazamiento importante, estratégicametne hablando, cuando Fernando III el Santo preparaba la conquista de Sevilla.

Alcolea posee un importantísimo legado arqueológico que se puede corroborar con la visita a las ruinas de la ciudad romana
de Arva, situada a cinco kms. del pueblo. También lo observaremos en el Molino "Peña de la Sal" en la margen derecha del uadalquivir, fueron molinos harineros en la época árabe, junto a los que se conservan cinco hornos alfareros romanos. Destacamos también los restos de la antigua ciudad romana de Canama, que fue de gran importancia por la cantidad de tumbas encontradas. Visita recomendada es también la de los bellos molinos árabes de "La Aceña", en la orilla del río Guadalquivir y muy bien onservados.

El término de Alcolea del Río, situado en la comarca de la Vega Alta del Guadalquívir, comprende dos zonas de interés ecológico bien diferenciadas en las que podemos encontrar especies faunísticas y botánicas distintas.
Una de las zonas antes mencionadas sería la que se encuentra situada en las proximidades del río Guadalquivir y las tierras comprendidas en su vega propiamente dicha.La otra zona comprendería las primeras estribaciones de Sierra Morena. El hecho de encontrar en nuestro término estas dos zonas tan bien diferenciadas condiciona la existencia de un ecotono (zona entre dos ecosistemas distintos con características propias) con su consiguiente aporte en su riqueza en cuanto a biodiversidad se refiere.
En la zona bañada por el río Guadalquivir encontramos especies típicas de flora como pueden ser el taraje y el álamo blanco y especies faunísticas como la garza real, polla de agua y diversas anátidas. A continuación, la Vega es aprovechada en su mayoría para cultivos en la que se pueden ver especies esteparias como los alaulidos (alondras y cogujadas). Más arriba en la zona de las primeras estribaciones de la sierra es donde la vegetación se mantiene en mejores condiciones con menos degradación y en ellas encontramos especies como encinas, jara, pino, majuelo y avifauna como curruca, cernícalos y grajillas.
Las especies más importantes y de mayor interés ecológico que se encuentran en estas áreas son las siguientes: