La Iglesia de San Pedro es una pequeña maravilla de armonía. Si la vemos de frente, admiramos la proporción de tamaños del cuerpo del edificio y la altura de la torre. La portada principal está flanqueada por dos hermosas columnas sobre pedestales a la romana, capiteles corintios, con un entablamento decorado con el escudo de la parroquia. Torre de tres cuerpos, campanario rematado por linda media esfera dorada.
El edificio es de tres naves, con ábside en la cabecera. De origen mudéjar pero destruido por el terremoto de 1755 fue restaurado a finales del siglo XVIII. De esa época es el retablo mayor con imagen de San Pedro "in cátedra", acompañado en las hornacinas laterales por San Restituto y San Crispín, este último patrono de los zapateros, y que tuvo gran veneración, por la importancia de dicho gremio en Peñaflor.
También en otros altares hay imágenes de interés artistico y devoto, como la Virgen del Rosario, Santo Domingo de Guzmán y un niño Jesus de escuela Montañesina.